Organizację Urzędu Skarbowego w Szczytnie reguluje Zarządzenie Nr 41/2025 Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z dnia 29 maja 2025 r. w sprawie nadania Urzędowi Skarbowemu w Szczytnie regulaminu organizacyjnego wraz z Zarządzeniem Nr 14/2026 Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z dnia 3 kwietnia 2026 r. zmieniającym zarządzenie w sprawie nadania Urzędowi Skarbowemu w Szczytnie regulaminu organizacyjnego.
Regulamin zgodny jest ze Statutem Urzędu Skarbowego, stanowiącym załącznik nr 7 do Zarządzenia Ministra Finansów z dnia 13 marca 2025 r. w sprawie organizacji Krajowej Informacji Skarbowej, izby administracji skarbowej, urzędu skarbowego, urzędu celno-skarbowego i Krajowej Szkoły Skarbowości oraz nadania im statutów (Dz. Urz. Min. Fin. z poz. 19).
